Центар за контролу и превенцију болести обавља следеће послове:

-       прати, истражује и проучава узроке појава ширења и кретања заразних и незаразних  болести на територији два округа и спроводи одговарајуће активности у складу са тим;

-       утврђује и спроводи мере за спречавање, сузбијање и одстрањивање заразних и незаразих  болести болести;

-       припрема, спроводи и контролише програме обавезних имунизација на територији  два округа;

-       обавља непосредно имунизацију и хемиопрофилаксу према епидемиолошким индикацијама, у складу са законом;

-       врши епидемиолошки надзор у здравственим установама у циљу спречавања и сузбијања болничких инфекција;

-       врши здравствени надзор  над лицима која у складу са законом подлежу надзору;

-       прати кретање и регистрацију новооболелих особа од одређених незаразних болести;

-       врши примењена истраживања у области јавног здравља

-       планира и спроводи епидемиолошке мере у ванредним приликама;

-       обавља послове дезинфекције, дезинсекције и дератизације, према епидемиолошким индикацијама и на захтев корисника;

-       припрема, прати и контролише планове и програме за заштиту од заразних, паразитарних и незаразних болести, у сарадњи са другим центрима;

-       врши здравствено-васпитни рад из области заразних и незаразних болести;

Ради обједињавања послова и ефикасног извршавања задатака из делокруга Центра за контролу и превенцију болести, образују се следеће организацине јединице:

1)    Одељење за контролу и превенцију заразних болести, које у свом саставу има:

-       одсек за заразне болести

-       одсек за ДДД послове

2)    Одељење за контролу и превенцију незаразних болести