Центар за микробиологију обавља следеће послове:

-       микробиолошке, паразитолошке, миколошке и серолошке лабораторијске анализе у дијагностици обољевања, истраживању заразних  и паразитарних  болести, односно раном откривању  заражених, болесних и клицоноша.

-       врши испитивање микробиолошке исправности воде за пиће, животних намирница и предмета опште употребе из производње, складиштења и промета у складу са законом;

Ради  обједињавања послова и ефикасног извршавања задатака из делокруга Центра, образују се следеће следеће организационе јединице:

1)    Одељење за клиничку микробиологију , које у свом саставу има:

-       одсек за бактериологију

-       одсек за серологију

-       одсек за ТБЦ    

-       одсек за микологију и паразитологију

2)   Одељење за санитарну микробиологију, које у свом саставу има:

-       одсек за контролу животних намирница и предмета опште употребе

-       одсек за контролу вода

-       одсек за стерилизацију и израду подлога